由于FHS仅是定义出最上层(/)及子层(/usr, /var)的目录内容应该要放置的文件数据，因此，在其他子目录层级内，就可以随开发人员自行配置了。举例来说，FC4的网络设置数据放在/etc/sysconfig/network-script/目录下，但SuSE Server 9则是将网络放在/etc/sysconfig/network/目录下，目录名称是不同的。
另外，在Linux中，所有的文件与目录都由根目录/ 开始。那是所有目录与文件的源头。然后再一个一个分支下来，有点像树状。因此，我们也称这种目录配置方式为：“目录树(directory tree)”。这个目录树主要特性有：
目录树的起始点为根目录(/, root)。
每一个目录不仅能使用本地端分区的文件系统，也可以使用网络上的文件系统。举例来说，可以利用
网络文件系统(Network File System，NFS)服务器载入某特定目录等。
每一个文件在此目录树中的文件名(包含完整路径)都是独一无二的。
此外，根据文件名写法的不同，也可将路径(path)定义为
绝对路径(absolute)与
相对路径(relative)。绝对路径为：由根目录(/)开始写起的文件名或目录名称，例如/home/dmtsai/.bashrc；相对路径为相对于当前路径的文件名写法。例如./home/dmtsai或../../home/dmtsai/等等。反正开头不是/ 就属于相对路径的写法。必须要了解，相对路径是以“当前所在路径的相对位置”来表示的。举例来说，当前在/home目录下，如果想要进入/var/log目录时，怎么写呢？
cd /var/log(absolute)
cd ../var/log(relative)
因为在/home中，所以要回到上一层(../)之后，才能继续向/var移动。
特别注意这两个特殊的目录：
.：表示当前目录，也可以使用./来表示。
..：表示上一层目录，也可以../来表示。
.与..的目录概念很重要，你常常会看到cd ..或 ./command之类的命令方式，就是表示上一层与当前所在目录的工作状态。此外，针对“文件名”与“完整文件名(由/ 开始写起的文件名)”的字符限制大小为：
单一文件或目录的最大容许文件名为255个字符。包含完整路径名称及目录(/)的完整文件名为4096个字符。
我们知道，/var/log/下面有个文件名为message，这个message文件的最大文件名可达255个字符。var与log这两个上层目录最长也分别可达255个字符。但总的来说， /var/log/messages这样完整的文件名最长则可达4096个字符。
提示:root在Linux里面的意义很多。如果从“账号”的角度来看，root指“
系统管理员”身份，如果以“目录”的角度来看，root指的是根目录，就是/ 。要特别注意。